[AlGol]

Для программирования всех в одном прикладном слое необходимы более жесткие процедуры по оформлению и поддержке кода (те же комментарии на каждый чих). Если сможете обеспечить нужный уровень организации кодинга - то в одном слое, в принципе, будет удобней.

При программировании в разных слоях, во-первых все равно остается вопрос "кто это сделал?!". Только разборки будут на уровне команд. Во-вторых, будет крайний, кто отвечает за стыковку слоев, и на него, скорее всего, будут валить процентов 60 возникших багов и дырок.

В отдельный слой, на мой взгляд, имеет смысл размещать законченный продукт. Написали модуль законченный - и запихали его в отдельный слой. В процессе билда на проекте создается продукт - версия, подогнанная под требования заказчика. Костомизации в рамках этой единой версии лучше разместить в одном слое.
Вот если бы каждая половина команды создавала отдельную оговоренную функциональность, не пересекающуюся (в идеале) с другими, то такие доработки с полной уверенностью можно размещать в отдельных слоях.